2万年前から人が住んでおり、いたるところに古墳群がある。臼杵の地名にもなった「臼と杵の石柱」が見つかった臼杵神社も古墳の上に建造されている。

キリシタン大名大友宗麟が海に浮かぶ島を自然の要塞として築城した丹生島城がのちに臼杵城となり、商人を中心とした街が形成され南蛮貿易で潤った。

徳川の時代には岐阜から来た稲葉家が藩主となり、現在の臼杵市街が出来上がる。

​現在は野津町を含め、有機農業に力を入れたオーガニック都市として世界にメッセージする。